数理生物学研究室
- 研究テーマ
- 生命現象の数理モデリング／データ解析と実社会への応用
- 研究キーワード
数理生物学, システム生物学, バイオインフォマティクス, 微生物生態学, 精密化医療, マルチオミックス解析, 数理モデリング, 機械学習, データ科学
スタッフ
研究・教育内容
数理生物学とは、生物学に数理科学的手法やデータ解析を応用して、実験や観察データのみではわからない現象の理解を目指す分野です。本研究室では、生命現象の数理モデリングやデータ解析手法の開発・応用を中心に、分野横断・学際的な研究を進めています。具体的なテーマとして、(i) 腸内や土壌など様々な環境に存在する微生物叢の生態系を数理的に理解・制御することで発症予防や作物作成の改善につなげる研究、(ii) 医療データ解析、(iii) トランスクリプトームなど網羅的塩基配列データに関わるバイオインフォマティクス研究、(iv) 生命現象の解析に役立つ汎用的な数理科学手法を開発・深化させる純理論的研究等を展開することで、基礎・応用両面で学際研究を推進していきます。
数理生物学研究室(pdf)
各科目の活用度
担当学部・大学院
- 学部担当:
理学部，生物科学科（高分子機能学），基幹講座 - 大学院担当:
大学院生命科学院，生命科学専攻，生命融合科学コース，生命情報分子科学
お問合せ
- 研究室所在地
- 〒060-0810
札幌市北区北10条西8丁目
理学部2号館7階 - 電話番号
- 011-706-2774
- snakaoka＊sci.hokudai.ac.jp（＊を半角@に変えて入力ください）
代表的な研究業績
Junya Sunagawa, Hyeongki Park, Kwang Su Kim, Ryo Komorizono, Sooyoun Choi, Lucia Ramirez Torres, Joohyeon Woo, Yong Dam Jeong, William S Hart, Robin N Thompson, Kazuyuki Aihara, Shingo Iwami, Ryo Yamaguchi. Isolation may select for earlier and higher peak viral load but shorter duration in SARS-CoV-2 evolution. Nature Communications, 14(1), 7395, 2023.
Shintaro Nakano, Yasuyuki Kawamoto, Yoshito Komatsu, Rika Saito, Ken Ito, Takahiro Yamamura, Kazuaki Harada, Satoshi Yuki, Kazumichi Kawakubo, Ryo Sugiura, Shin Kato, Koji Hirata, Hajime Hirata, Masahito Nakajima, Ryutaro Furukawa, Yunosuke Takishin, Kousuke Nagai, Isao Yokota, Keisuke H Ota, Shinji Nakaoka, Masaki Kuwatani, Naoya Sakamoto. Analysis of the Pancreatic Cancer Microbiome Using Endoscopic Ultrasound-Guided Fine-Needle Aspiration-Derived Samples, Pancreas 51(4) 351-357 2022/4/1.
Kenta Suzuki, Masato S Abe, Daiki Kumakura, Shinji Nakaoka, Fuki Fujiwara, Hirokuni Miyamoto, Teruno Nakaguma, Mashiro Okada, Kengo Sakurai, Shohei Shimizu, Hiroyoshi Iwata, Hiroshi Masuya, Naoto Nihei, Yasunori Ichihashi, Chemical-Mediated Microbial Interactions Can Reduce the Effectiveness of Time-Series-Based Inference of Ecological Interaction Networks, International journal of environmental research and public health 19(3) 2022/1/22.
Yosuke Komatsu, Daiki Kumakura, Namiko Seto, Hirohisa Izumi, Yasuhiro Takeda, Yuki Ohnishi, Shinji Nakaoka, Tomoyasu Aizawa,Dynamic Associations of Milk Components With the Infant Gut Microbiome and Fecal Metabolites in a Mother-Infant Model by Microbiome, NMR Metabolomic, and Time-Series Clustering Analyses, Frontiers in nutrition 8 813690-813690 2021.
Ryo Yamaguchi and Sarah P. Otto. Insights from Fisher’s geometric model on the likelihood of speciation under different histories of environmental change. Evolution 74, 1603-1619 2020.