中岡 慎治准教授 (NAKAOKA Shinji)
- 研究室
- 数理生物学研究室
- 研究テーマ
- 生命現象の数理モデリング・データ解析と実社会への応用
- 研究キーワード
数理生物学, システム生物学, バイオインフォマティクス, 微生物生態学, 精密化医療, マルチオミックス解析, 数理モデリング, 機械学習, データ科学
研究内容
数理生物学とは、生物学に数理科学的手法やデータ解析を応用して、実験や観察データのみではわからない現象の理解を目指す分野です。本研究室では、生命現象の数理モデリングやデータ解析手法の開発・応用を中心に、分野横断・学際的な研究を進めています。具体的なテーマとして、(i) 腸内や土壌など様々な環境に存在する微生物叢の生態系を数理的に理解・制御することで発症予防や作物作成の改善につなげる研究、(ii) 医療データ解析、(iii) トランスクリプトームなど網羅的塩基配列データに関わるバイオインフォマティクス研究、(iv) 生命現象の解析に役立つ汎用的な数理科学手法を開発・深化させる純理論的研究等を展開することで、基礎・応用両面で学際研究を推進していきます。
担当学部・大学院
- 理学部担当:
生物科学科（高分子機能学），基幹講座 - 大学院生命科学院担当:
生命科学専攻，生命融合科学コース，生命情報分子科学
メッセージ
数理生物学とは、生物に関わる数学、物理学や化学の理論やアイディアが結集された学際的な学問分野です。多種類の定量的な計測データが取得できるようになった現在、データ科学手法を取り入れ、生命現象の関わる医学・工学・農学への応用も含めて多方面に展開しています。数理モデルやシミュレーション、データ解析に興味がある方は一緒に研究をしましょう。数学、情報学、分子生物学が主に関わりますが、配属時には学んできたことのバックグラウンドは問いません。
代表的な研究業績
Mohamed Mahgoub, Jun-ichirou Yasunaga, Shingo Iwami, Shinji Nakaoka, Yoshiki Koizumi, Kazuya Shimura, and Masao Matsuoka, Sporadic on/off switching of HTLV-1 Tax expression is crucial to maintain the whole population of virus-induced leukemic cells, PNAS, 2018 E1269-E1278.
Hirokazu Toju, Kabir G. Peay, Masato Yamamichi, Kazuhiko Narisawa, Kei Hiruma, Ken Naito, Shinji Fukuda, Masayuki Ushio, Shinji Nakaoka, Yusuke Onoda, Kentaro Yoshida, Klaus Schlaeppi, Yang Bai, Ryo Sugiura, Yasunori Ichihashi, Kiwamu Minamisawa, E. Toby Kiers, Core microbiomes for sustainable agroecosystems, Nature plant, Volume 4, 247–257 (2018).
Shoya Iwanami, Kosaku Kitagawa, Hirofumi Ohashi, Yusuke Asai, Kaho Shionoya, Wakana Saso, Kazane Nishioka, Hisashi Inaba, Shinji Nakaoka, Takaji Wakita, Odo Diekmann, Shingo Iwami, Koichi Watashi, Should a viral genome stay in the host cell or leave? A quantitative dynamics study of how hepatitis C virus deals with this dilemma, PLoS biology 18(7), e300056 2020
Hirofumi Aso, Shumpei Nagaoka, Eiryo Kawakami, Jumpei Ito, Saiful Islam, Benjy Jek Yang Tan, Shinji Nakaoka, Koichi Ashizaki, Katsuyuki Shiroguchi, Yutaka Suzuki, Yorifumi Satou, Yoshio Koyanagi, Kei Sato, Multiomics investigation revealing the characteristics of HIV-1-infected cells in vivo Cell Reports 32(2), 107887 2020
Pedro Costa del Amo, Bisrat Debebe, Milad Razavi-Mohseni, Shinji Nakaoka, Andrew Worth, Diana Wallace, Peter Beverley, Derek Macallan, Becca Asquith, The rules of human T cell fate in vivo, Frontiers in immunology 11, 573 2020
北大研究者総覧参照
（https://researchers.general.hokudai.ac.jp/profile/ja.bPdQtN0vP5FD9WzOb2syHw==.html）
備考
＜オフィスアワー＞
・訪問受け入れ日時：講義期間中はいつでも
・居室：理学部2号館7階2-706室
※不在の場合があるため下記メールアドレスへ事前連絡の上来室してください。
snakaoka[at]sci.hokudai.ac.jp
所属
- 大学院先端生命科学研究院，先端融合科学研究部門，組織構築科学研究分野
- 次世代物質生命科学研究センター，先端基盤ユニット