スタッフ

中岡 慎治准教授 (NAKAOKA Shinji)

研究室
数理生物学研究室
研究テーマ
生命現象の数理モデリング・データ解析と実社会への応用
研究キーワード

数理生物学, システム生物学, バイオインフォマティクス, 微生物生態学, 精密化医療, マルチオミックス解析, 数理モデリング, 機械学習, データ科学

研究内容

数理生物学とは、生物学に数理科学的手法やデータ解析を応用して、実験や観察データのみではわからない現象の理解を目指す分野です。本研究室では、生命現象の数理モデリングやデータ解析手法の開発・応用を中心に、分野横断・学際的な研究を進めています。具体的なテーマとして、(i) 腸内や土壌など様々な環境に存在する微生物叢の生態系を数理的に理解・制御することで発症予防や作物作成の改善につなげる研究、(ii) 医療データ解析、(iii) トランスクリプトームなど網羅的塩基配列データに関わるバイオインフォマティクス研究、(iv) 生命現象の解析に役立つ汎用的な数理科学手法を開発・深化させる純理論的研究等を展開することで、基礎・応用両面で学際研究を推進していきます。

担当学部・大学院

メッセージ

数理生物学とは、生物に関わる数学、物理学や化学の理論やアイディアが結集された学際的な学問分野です。多種類の定量的な計測データが取得できるようになった現在、データ科学手法を取り入れ、生命現象の関わる医学・工学・農学への応用も含めて多方面に展開しています。数理モデルやシミュレーション、データ解析に興味がある方は一緒に研究をしましょう。数学、情報学、分子生物学が主に関わりますが、配属時には学んできたことのバックグラウンドは問いません。

代表的な研究業績

Kazuhito Miura, Yutaka Watanabe, Haruhisa Baba, Kimiya Ozaki, Takae Matsushita, Miyako Kondoh, Kazutaka Okada, Shinji Nakaoka, Katsuhiko Ogasawara, Teppei Suzuki, Hiroshi Saito, Takashi Kimura, Akiko Tamakoshi, Yutaka Yamazaki,COVID-19-related stress, exercise, and oral health-related quality of life among community-dwelling older adults who participated in the CHEER Iwamizawa project, Japan, Scientific reports 12(1) 20347-20347 2022/11/27.

Ryuichi Kumata, Shoya Iwanami, Katrina B Mar, Yusuke Kakizoe, Naoko Misawa, Shinji Nakaoka, Yoshio Koyanagi, Alan S Perelson, John W Schoggins, Shingo Iwami, Kei Sato,Antithetic effect of interferon-α on cell-free and cell-to-cell HIV-1 infection, PLoS computational biology 18(4) e1010053 2022/04.

Haruhisa Baba, Yutaka Watanabe, Kazuhito Miura, Kimiya Ozaki, Takae Matsushita, Miyako Kondoh, Kazutaka Okada, Akira Hasebe, Tokiyoshi Ayabe, Kiminori Nakamura, Shinji Nakaoka, Katsuhiko Ogasawara, Teppei Suzuki, Hiroshi Saito, Takashi Kimura, Akiko Tamakoshi, Yutaka Yamazaki,Oral frailty and carriage of oral Candida in community-dwelling older adults (Check-up to discover Health with Energy for senior Residents in Iwamizawa; CHEER Iwamizawa), Gerodontology 39(1) 49-58 2022/3.

Kenta Suzuki, Shinji Nakaoka, Shinji Fukuda, Hiroshi Masuya, Energy landscape analysis elucidates the multistability of ecological communities across environmental gradients, ECOLOGICAL MONOGRAPHS 91(3) 2021/8

Shoya Iwanami, Keisuke Ejima, Kwang Su Kim, Koji Noshita, Yasuhisa Fujita, Taiga Miyazaki, Shigeru Kohno, Yoshitsugu Miyazaki, Shimpei Morimoto, Shinji Nakaoka, Yoshiki Koizumi, Yusuke Asai, Kazuyuki Aihara, Koichi Watashi, Robin N Thompson, Kenji Shibuya, Katsuhito Fujiu, Alan S Perelson, Shingo Iwami, Takaji Wakita, Detection of significant antiviral drug effects on COVID-19 with reasonable sample sizes in randomized controlled trials: A modeling study, PLoS medicine 18(7) e1003660 2021/7.

北大研究者総覧参照
（https://researchers.general.hokudai.ac.jp/profile/ja.f2db12884fc8303c520e17560c007669.html）

備考

＜オフィスアワー＞
・訪問受け入れ日時：講義期間中はいつでも
・居室：理学部2号館7階2-706室
※不在の場合があるため下記メールアドレスへ事前連絡の上来室してください。
snakaoka[at]sci.hokudai.ac.jp

所属